Sınıflandırmanın gereği:
Doğada çevremizde gördüğümüz tüm canlıları, ister istemez, farkında olsak da olmasak da sınıflandırırız. Örneğin; bitkiler ve hayvanlar, ağaçlar ve çalılar, kaya-taş-kum gibi ayırımlar bile bir tür sınıflandırmadır.
Sınıflandırmanın esas amacı, yeryüzünde bulunan canlıları, akrabalık ilişkilerine göre gruplandırmak ve bu sayede de düzenli bir sistem içinde çalışılmasını kolaylaştırmaktır.

Bu amaca hizmet veren bilim dalı ise “Sistematik” veya “Taksonomi” olarak bilinir. Günümüzdeki sınıflandırmanın mantığında asıl dayanak, akrabalık dereceleridir. Ancak buna ek olarak vücut simetrisi, vücut boşluklarının tipi, embriyo evresinde görülen segmentasyon tipi, embriyonik gelişim evreleri, ortak kökenden gelen üyeler (kol, bacak, kanat gibi), iskelet tipi ve şekli, sindirim sisteminin tipi, larva durumları ve eşeysel özellikler gibi başka karakterlerden de yararlanılır.

Canlılar aleminde geçerli olan esas taksonomik gruplar büyükten küçüğe doğru şu şekildedir:
Regnum (alem), Divisio (bölüm), Phylum (şube), Classis (sınıf), Ordo (takım), Familia (aile/familya), Genus (cins) ve Species (tür).

Sınıflandırmanın tarihçesi:

Sınıflandırmanın temeli Aristo’ya (M.Ö.384-322) kadar uzanır. Aristo, canlıları “Bitkiler” ve “Hayvanlar” olmak üzere iki aleme ayırmıştı. Daha sonra Ernst Haeckel (1834-1919) tarafından, “Protista” adı verilen ve bütün mikroskobik canlıları içeren üçüncü bir alem olması önerilmişti. Taksonomiyi ciddi anlamda ilk defa ele alan bilim adamı ise Carl von Linneaus’dur (1707-1778). Ancak Linneaus tarafından yapılan sınıflandırma, akrabalık dereceleri konusunda çok fazla bilgi vermemesi nedeniyle “suni sınıflandırma” olarak isimlendirilmiştir.

Taksonominin modern şeklini alması, Herbert Copeland ve Robert Whittaker isimli araştırıcıların çalışmaları sonucunda gerçekleşmiştir. Copeland tarafından önerilen sınıflandırmada, Haeckel’in sınıflandırmasına ek olarak bir de “Bakteriler” alemi yer alıyordu. Copeland’in fikirlerini biraz daha geliştiren Whittaker ise, Fungi adı altında beşinci bir alemi sınıflandırmaya kattı.
1990 yılında ise Carl Woese isimli araştırıcı tarafından, Whittaker’ın sınıflandırması elden geçirildi ve canlılar Bacteria, Archaea ve Eucarya olmak üzere 3 “domain” altında toplandı.

* Robert Whittaker’ın sınıflandırması
* Carl Woese’in sınıflandırması
Carl Woese’in çalışmaları ve fikirleri ışığında, Margulis ve Schwartz tarafından canlıların sınıflandırılmasına son bir şekil verilmiş ve aşağıdaki tablo oluşturulmuştur:

Robert Whittaker’ın Sınıflandırması
Robert Whittaker tarafından yapılan sınıflandırmaya göre canlılar, öncelikli olarak hücre yapıları ve beslenme tipleri ile sindirim şekilleri göz önüne alınarak, 5 alem altında toplanır:

1. Monera (Bakteriler): Zar ile çevrili gerçek organelleri bulunmayan hücrelere sahip olan bu canlılara örnek olarak, bakterileri ve mavi-yeşil algleri verebiliriz. Kitin yapıda bir hücre duvarı ve halkasal yapıda basit bir genetik materyal taşıyan bu canlılarda, amitotik hücre bölünmesi ile çoğalma görülür. Bu grup günümüzde, “Eubacteria” ve “Archaea” olmak üzere iki alt alemde incelenmektedir.

2. Protista (Protoctista): Bu alemden itibaren, hücre organellerinin her biri zar ile çevrilmiş haldedir. Bu alem üyelerinden bazılarında görülen kloroplastlar, bitkilerde bulunan kloroplastların aksine, prokaryot hücreden köken almıştır. Bu alem altında sınıflanan bir veya çok hücreli canlılarda, doku farklılaşması görülmez.

3. Fungi (Mantarlar): Mikroskobik mantarları ve besin olarak tükettiğimiz şapkalı mantarları kapsayan bu alemin üyeleri, saprofit (çürükçül) canlılardır. Sindirim enzimleri ile hücre dışı sindirim yapılır. Hücre duvarları, ağırlıklı olarak selüloz yerine kitin yapıdadır.

4. Plantae Bitkiler aleminin üyeleri, çoğunun hücrelerinde kloroplast bulunan, ototrof (kendibeslek) canlılardır. Bu canlıların kloroplastları, ökaryot kökenlidir. Hücre duvarları selüloz yapıdadır. Klorofil taşımayan ve fotosentez yapmayan bitki türleri de bulunmaktadır.

5. Animalia: Hayvanlar alemine giren canlılarda ise hücre duvarı ve kloroplastlar bulunmaz. Besin, sindirildikten sonra hücre içerisinde alınır. Heterotrof (ardıbeslek) olan bu canlılar, beslenme şekillerine göre ayrıca otçul, etçil, hepçil, böcekçil, vs olarak gruplandırılırlar.

Carl Woese’in Sınıflandırması
Carl Woese tarafından 1990 yılında yapılan ve canlıları hücre yapılarına göre öncelikli olarak 3 gruba ayıran sistemde, “Domain” adı verilen yeni bir taksonomi birimi kullanılmıştır. Alemden daha yüksek kabul edilen bu birim temeline göre canlılar, “Bacteria”- “Archaea” ve “Eucarya” gruplarında toplanır.
Woese, genel olarak çalışmalarını ribozomal RNA üzerinde yürütmüş ve RNA yapısına göre akrabalık derecelerini ortaya koymayı hedeflemiştir. Morfolojik olarak da yürüttüğü çalışmalarının sonucu ise, ribozomal RNA çalışmasından biraz daha farklı bir sonuç vermiş ve sonuçta iki farklı akrabalık ilişkisi ortaya çıkmıştır.

Morfolojiye göre:

rRNA’ya göre: